opsd_bovin

NAME

3DQB

ORGANISM

Bovine (Bos taurus)

PROTEIN NAME

opsd_bovin

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

                   
N-term        
M
N
G
T
E
G
P
N
F
Y
10
                   
                   
V
P
F
S
N
K
T
G
V
V
20
                   
                   
R
S
P
F
E
A
P
Q
Y
Y
30
                   
    TM1          
L
A
E
P
W
Q
F
S
M
L
40
                   
                   
A
A
Y
M
F
L
L
I
M
L
50
                   
                   
G
F
P
I
N
F
L
T
L
Y
60
                   
          ICL1  
V
T
V
Q
H
K
K
L
R
T
70
                   
TM2              
P
L
N
Y
I
L
L
N
L
A
80
                   
                   
V
A
D
L
F
M
V
F
G
G
90
                   
                   
F
T
T
T
L
Y
T
S
L
H
100
                   
  ECL1 TM3    
G
Y
F
V
F
G
P
T
G
C
110
                   
                   
N
L
E
G
F
F
A
T
L
G
120
                   
                   
G
E
I
A
L
W
S
L
V
V
130
                   
                   
L
A
I
E
R
Y
V
V
V
C
140
                   
  ICL2          
K
P
M
S
N
F
R
F
G
E
150
                   
TM4              
N
H
A
I
M
G
V
A
F
T
160
                   
                   
W
V
M
A
L
A
C
A
A
P
170
                   
        ECL2    
P
L
V
G
W
S
R
Y
I
P
180
                   
                   
E
G
M
Q
C
S
C
G
I
D
190
                   
                   
Y
Y
T
P
H
E
E
T
N
N
200
                   
TM5              
E
S
F
V
I
Y
M
F
V
V
210
                   
                   
H
F
I
I
P
L
I
V
I
F
220
                   
                   
F
C
Y
G
Q
L
V
F
T
V
230
                   
                   
K
E
A
A
A
Q
Q
Q
E
S
240
                   
TM6              
A
T
T
Q
K
A
E
K
E
V
250
                   
                   
T
R
M
V
I
I
M
V
I
A
260
                   
                   
F
L
I
C
W
L
P
Y
A
G
270
                   
                   
V
A
F
Y
I
F
T
H
Q
G
280
                   
ECL3 TM7      
S
D
F
G
P
I
F
M
T
I
290
                   
                   
P
A
F
F
A
K
T
S
A
V
300
                   
                   
Y
N
P
V
I
Y
I
M
M
N
310
                   
H8                
K
Q
F
R
N
C
M
V
T
T
320
                   
    C-term    
L
C
C
G
K
N
P
L
G
D
330
                   
                   
D
E
A
S
T
T
V
S
K
T
340
               
               
E
T
S
Q
V
A
P
A
                   
N-term        
M
N
G
T
E
G
P
N
F
Y
10
                   
                   
V
P
F
S
N
K
T
G
V
V
20
                   
                   
R
S
P
F
E
A
P
Q
Y
Y
30
                   
    TM1          
L
A
E
P
W
Q
F
S
M
L
40
                   
                   
A
A
Y
M
F
L
L
I
M
L
50
                   
                   
G
F
P
I
N
F
L
T
L
Y
60
                   
          ICL1  
V
T
V
Q
H
K
K
L
R
T
70
                   
TM2              
P
L
N
Y
I
L
L
N
L
A
80
                   
                   
V
A
D
L
F
M
V
F
G
G
90
                   
                   
F
T
T
T
L
Y
T
S
L
H
100
                   
  ECL1 TM3    
G
Y
F
V
F
G
P
T
G
C
110
                   
                   
N
L
E
G
F
F
A
T
L
G
120
                   
                   
G
E
I
A
L
W
S
L
V
V
130
                   
                   
L
A
I
E
R
Y
V
V
V
C
140
                   
  ICL2          
K
P
M
S
N
F
R
F
G
E
150
                   
TM4              
N
H
A
I
M
G
V
A
F
T
160
                   
                   
W
V
M
A
L
A
C
A
A
P
170
                   
        ECL2    
P
L
V
G
W
S
R
Y
I
P
180
                   
                   
E
G
M
Q
C
S
C
G
I
D
190
                   
                   
Y
Y
T
P
H
E
E
T
N
N
200
                   
TM5              
E
S
F
V
I
Y
M
F
V
V
210
                   
                   
H
F
I
I
P
L
I
V
I
F
220
                   
                   
F
C
Y
G
Q
L
V
F
T
V
230
                   
                   
K
E
A
A
A
Q
Q
Q
E
S
240
                   
TM6              
A
T
T
Q
K
A
E
K
E
V
250
                   
                   
T
R
M
V
I
I
M
V
I
A
260
                   
                   
F
L
I
C
W
L
P
Y
A
G
270
                   
                   
V
A
F
Y
I
F
T
H
Q
G
280
                   
ECL3 TM7      
S
D
F
G
P
I
F
M
T
I
290
                   
                   
P
A
F
F
A
K
T
S
A
V
300
                   
                   
Y
N
P
V
I
Y
I
M
M
N
310
                   
H8                
K
Q
F
R
N
C
M
V
T
T
320
                   
    C-term    
L
C
C
G
K
N
P
L
G
D
330
                   
                   
D
E
A
S
T
T
V
S
K
T
340
               
               
E
T
S
Q
V
A
P
A
348

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
C-term

 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
C-term


DIAGRAMS

ICL1 K K L R ICL1ECL1 Y F V F ECL1ICL2 P M S N F R F ICL2ECL2 W S R Y I P E G M Q C S C G I D Y Y T P H E E T ECL2ICL3 Q E ICL3ECL3 Q G S D F ECL3N-term M N G T E G P N F Y V P F S N K T G V V R S P F E A P Q Y Y L A N-termC-term C G K N P L G D D E A S T T V S K T E T S Q V A P A C-term E P W Q F S M L A A Y M F L L I M L G F P I N F L T L Y V T V Q H T P L N Y I L L N L A V A D L F M V F G G F T T T L Y T S L H G G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L V G N N E S F V I Y M F V V H F I I P L I V I F F C Y G Q L V F T V K E A A A Q Q S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W L P Y A G V A F Y I F T H G P I F M T I P A F F A K T S A V Y N P V I Y I M M N K Q M V T F R N C T L C

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated

DELETIONS


MODIFICATIONS


AUXILIARY PROTEINS


EXPRESSION

Expression method Host cell type Host cell Remarks
NA Native Bovine

SOLUBILIZATION

Solvent type Item Concentration
detergent OG (b-D-octylglucopyranoside) 1.0 %w/v

Remarks:

PURIFICATION

Purification type Description
NONE None

Remarks:None

CRYSTALLIZATION

METHOD: vapour diffusion
TYPE: hanging drops ()
PROTEIN CONCENTRATION: 6-8 mg/ml
Temperature: 10°C
ph : 5.9-6.1

Remarks: Alternatively, GalphaCT was mixed with solubilized opsin in a 4:1 molar ratio for crystallization. Crystallization screens by the sparse matrix crystallization method were carried out using the hanging-drop vapour diffusion method and more than 2,000 crystallization conditions. Promising conditions were systematically screened further by altering protein concentration, precipitation agents and pH

Chemical lists

Type Item Concentration
Precipitant
unknown Ammonium sulfate 3.2 M
Additional
unknown MES (pH 5.9–6.1) 0.1 M
unknown β-mercaptoethanol 6-12 mM
unknown Na/K silicate–acetate mixture 0.01-0.05 %w/v
Detergent
detergent OG 1 %w/v