cxcr4_human

NAME

3ODU

ORGANISM

Human (Homo sapiens)

PROTEIN NAME

cxcr4_human

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
                  
N-term        
M
E
G
I
S
I
Y
T
S
D
10
                   
                   
N
Y
T
E
E
M
G
S
G
D
20
                   
                   
Y
D
S
M
K
E
P
C
F
R
30
                   
TM1              
E
E
N
A
N
F
N
K
I
F
40
                   
                   
L
P
T
I
Y
S
I
I
F
L
50
                   
                   
T
G
I
V
G
N
G
L
V
I
60
                   
            ICL1
L
V
M
G
Y
Q
K
K
L
R
70
                   
TM2              
S
M
T
D
K
Y
R
L
H
L
80
                   
                   
S
V
A
D
L
L
F
V
I
T
90
                   
                   
L
P
F
W
A
V
D
A
V
A
100
                   
ECL1 TM3      
N
W
Y
F
G
N
F
L
C
K
110
                   
                   
A
V
H
V
I
Y
T
V
N
L
120
       
 
          
                   
Y
S
S
V
L
I
L
A
F
I
130
                   
                   
S
L
D
R
Y
L
A
I
V
H
140
                   
ICL2            
A
T
N
S
Q
R
P
R
K
L
150
                   
TM4              
L
A
E
K
V
V
Y
V
G
V
160
                   
                   
W
I
P
A
L
L
L
T
I
P
170
                   
          ECL2  
D
F
I
F
A
N
V
S
E
A
180
                   
                   
D
D
R
Y
I
C
D
R
F
Y
190
                   
    TM5          
P
N
D
L
W
V
V
V
F
Q
200
                   
                   
F
Q
H
I
M
V
G
L
I
L
210
                   
                   
P
G
I
V
I
L
S
C
Y
C
220
               
 
  
                   
I
I
I
S
K
L
S
H
S
K
230
                   
ICL3 TM6      
G
H
Q
K
R
K
A
L
K
T
240
                   
                   
T
V
I
L
I
L
A
F
F
A
250
                   
                   
C
W
L
P
Y
Y
I
G
I
S
260
                   
                   
I
D
S
F
I
L
L
E
I
I
270
                   
ECL3 TM7      
K
Q
G
C
E
F
E
N
T
V
280
                   
                   
H
K
W
I
S
I
T
E
A
L
290
                   
                   
A
F
F
H
C
C
L
N
P
I
300
                   
          H8      
L
Y
A
F
L
G
A
K
F
K
310
                 
 
                   
T
S
A
Q
H
A
L
T
S
V
320
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term        
S
R
G
S
S
L
K
I
L
S
330
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
G
K
R
G
G
H
S
S
V
340
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
T
E
S
E
S
S
S
F
H
350
 
 
   
S
S
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagglutin
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG            
 
                  
  N-term      
 
E
G
I
S
I
Y
T
S
D
10
                   
                   
N
Y
T
E
E
M
G
S
G
D
20
                   
                   
Y
D
S
M
K
E
P
C
F
R
30
                   
TM1              
E
E
N
A
N
F
N
K
I
F
40
                   
                   
L
P
T
I
Y
S
I
I
F
L
50
                   
                   
T
G
I
V
G
N
G
L
V
I
60
                   
            ICL1
L
V
M
G
Y
Q
K
K
L
R
70
                   
TM2              
S
M
T
D
K
Y
R
L
H
L
80
                   
                   
S
V
A
D
L
L
F
V
I
T
90
                   
                   
L
P
F
W
A
V
D
A
V
A
100
                   
ECL1 TM3      
N
W
Y
F
G
N
F
L
C
K
110
                   
                   
A
V
H
V
I
Y
T
V
N
L
120
       
 
          
                   
Y
S
S
V
W
I
L
A
F
I
130
                   
                   
S
L
D
R
Y
L
A
I
V
H
140
                   
ICL2            
A
T
N
S
Q
R
P
R
K
L
150
                   
TM4              
L
A
E
K
V
V
Y
V
G
V
160
                   
                   
W
I
P
A
L
L
L
T
I
P
170
                   
          ECL2  
D
F
I
F
A
N
V
S
E
A
180
                   
                   
D
D
R
Y
I
C
D
R
F
Y
190
                   
    TM5          
P
N
D
L
W
V
V
V
F
Q
200
                   
                   
F
Q
H
I
M
V
G
L
I
L
210
                   
                   
P
G
I
V
I
L
S
C
Y
C
220
               
               
I
I
I
S
K
L
S
H
228
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GS                
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
T4 Lysozyme
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
               
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
    
     
S
K
G
231
                   
ICL3 TM6      
H
Q
K
R
K
A
L
K
T
T
241
                   
                   
V
I
L
I
L
A
F
F
A
C
251
                   
                   
W
L
P
Y
Y
I
G
I
S
I
261
                   
                   
D
S
F
I
L
L
E
I
I
K
271
                   
ECL3 TM7      
Q
G
C
E
F
E
N
T
V
H
281
                   
                   
K
W
I
S
I
T
E
A
L
A
291
                   
                   
F
F
H
C
C
L
N
P
I
L
301
                   
        H8        
Y
A
F
L
G
A
K
F
K
T
311
               
 
                 
S
A
Q
H
A
L
T
S
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreScission
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10)      

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
 
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagg
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG
 
 
 N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
 
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
 
TM5
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GS
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
T4 Lys
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GS
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
 
H8 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10


DIAGRAMS

ICL1 K K L R ICL1ECL1 N W Y F ECL1ICL2 A T N S Q R P R ICL2ECL2 N V S E A D D R Y I C D R F Y P N ECL2ICL3 K G H Q ICL3ECL3 I I K Q ECL3N-term M E G I S I Y T S D N Y T E E M G S G D Y D S M K E P C F N-termC-term S V S R G S S L K I L S K G K R G G H S S V S T E S E S S S F H S S C-term R E E N A N F N K I F L P T I Y S I I F L T G I V G N G L V I L V M G Y Q S M T D K Y R L H L S V A D L L F V I T L P F W A V D A V A G N F L C K A V H V I Y T V N L Y S S V L I L A F I S L D R Y L A I V H K L L A E K V V Y V G V W I P A L L L T I P D F I F A D L W V V V F Q F Q H I M V G L I L P G I V I L S C Y C I I I S K L S H S K R K A L K T T V I L I L A F F A C W L P Y Y I G I S I D S F I L L E G C E F E N T V H K W I S I T E A L A F F H C C L N P I L Y A F L G A K A Q H F K T S A L T

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated
125 |  L W

DELETIONS

  • from 1 to 1
  • from 320 to 352

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: hemagglutinin
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: GS
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_1 229:229
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: T4 Lysozyme (T4L)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_2 229:229
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: GS
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_3 229:229
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_4 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(10)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_5 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf9 Insect pFastBac1 and Bac-to-Bac

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    additive CHS 0.1 %w/v
    detergent DDM 0.5 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Proteolysis by HRV 3C protease None
    Deglycosylation by PNGase F None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: in meso/LCP
    TYPE: lipidic cubic phase (LCP) (monoolein (9.9 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: 60 - 70 mg/ml
    Temperature: 20°C
    ph : 5.5-5.5

    Remarks: protein-LCP mixture contained 40% (w/w) receptor solution, 54% (w/w) monoolein, and 6%(w/w) cholesterol

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Additional
    unknown Sodium citrate, pH 5.5 0.1 M
    unknown PEG 400 20 % v/v
    unknown Sodium Malonate 0.3 M
    unknown Taurine 5 mM
    Detergent
    detergent DDM 0.05 w/v
    Lipid
    lipid CHS 0.01 %w/v