ntr1_rat

NAME

4BV0

ORGANISM

Rat (Rattus norvegicus)

PROTEIN NAME

ntr1_rat

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term        
M
H
L
N
S
S
V
P
Q
G
10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
T
P
G
E
P
D
A
Q
P
F
20
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
G
P
Q
S
E
M
E
A
T
30
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
F
L
A
L
S
L
S
N
G
S
40
 
 
 
 
 
 
 
 
 
  
                   
G
N
T
S
E
S
D
T
A
G
50
                   
                   
P
N
S
D
L
D
V
N
T
D
60
                   
TM1              
I
Y
S
K
V
L
V
T
A
I
70
                   
                   
Y
L
A
L
F
V
V
G
T
V
80
   
 
    
 
        
                   
G
N
S
V
T
A
F
T
L
A
90
                   
    ICL1 TM2  
R
K
K
S
L
Q
S
L
Q
S
100
 
  
 
  
 
          
                   
T
V
H
Y
H
L
G
S
L
A
110
               
 
  
                   
L
S
D
L
L
I
L
L
L
A
120
 
    
 
 
          
                   
M
P
V
E
L
Y
N
F
I
W
130
                   
  ECL1     TM3
V
H
H
P
W
A
F
G
D
A
140
   
 
            
 
                   
G
C
R
G
Y
Y
F
L
R
D
150
                   
                   
A
C
T
Y
A
T
A
L
N
V
160
 
          
 
      
                   
A
S
L
S
V
E
R
Y
L
A
170
 
 
        
 
      
      ICL2      
I
C
H
P
F
K
A
K
T
L
180
                   
  TM4            
M
S
R
S
R
T
K
K
F
I
190
                   
                   
S
A
I
W
L
A
S
A
L
L
200
             
 
    
                   
A
I
P
M
L
F
T
M
G
L
210
   
 
              
ECL2            
Q
N
R
S
G
D
G
T
H
P
220
                   
                   
G
G
L
V
C
T
P
I
V
D
230
     
 
          
 
TM5              
T
A
T
V
K
V
V
I
Q
V
240
                   
                   
N
T
F
M
S
F
L
F
P
M
250
   
 
              
                   
L
V
I
S
I
L
N
T
V
I
260
 
 
 
              
                   
A
N
K
L
T
V
M
V
H
Q
270
                 
 
          ICL3  
A
A
E
Q
G
R
V
C
T
V
280
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
G
T
H
N
G
L
E
H
S
T
290
 
 
 
 
 
          
            TM6  
F
N
M
T
I
E
P
G
R
V
300
       
 
          
                   
Q
A
L
R
H
G
V
L
V
L
310
   
 
              
                   
R
A
V
V
I
A
F
V
V
C
320
                   
                   
W
L
P
Y
H
V
R
R
L
M
330
 
 
                
        ECL3    
F
C
Y
I
S
D
E
Q
W
T
340
 
 
                
TM7              
T
F
L
F
D
F
Y
H
Y
F
350
     
 
      
 
    
                   
Y
M
L
T
N
A
L
F
Y
V
360
 
 
                
                   
S
S
A
I
N
P
I
L
Y
N
370
                   
    H8            
L
V
S
A
N
F
R
Q
V
F
380
                   
                   
L
S
T
L
A
C
L
C
P
G
390
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term        
W
R
H
R
R
K
K
R
P
T
400
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
F
S
R
K
P
N
S
M
S
S
410
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
N
H
A
F
S
T
S
A
T
R
420
 
 
 
 
       
E
T
L
Y
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MBP              
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(6)        
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreScission
 
                  
  N-term      
 
G
P
N
S
D
L
D
V
N
58
                   
    TM1          
T
D
I
Y
S
K
V
L
V
T
68
                   
                   
A
I
Y
L
A
L
F
V
V
G
78
       
 
    
 
    
                   
T
V
G
N
G
V
T
L
F
T
88
                   
        ICL1    
L
A
R
K
K
S
L
Q
S
L
98
   
 
  
 
  
 
      
TM2              
Q
S
R
V
D
Y
Y
L
G
S
108
                   
                   
L
A
L
S
D
L
L
I
L
L
118
 
  
 
    
 
 
      
                   
F
A
L
P
V
D
V
Y
N
F
128
                   
      ECL1      
I
W
V
H
H
P
W
A
F
G
138
       
 
          
TM3              
D
A
G
C
K
G
Y
Y
F
L
148
 
 
                
                   
R
E
A
C
T
Y
A
T
A
L
158
   
 
          
 
  
                   
N
V
V
S
L
S
V
E
L
Y
168
     
 
        
 
  
          ICL2  
L
A
I
R
H
P
F
K
H
K
178
                   
      TM4        
T
L
M
S
R
S
R
T
K
K
188
                   
                   
F
I
S
A
I
W
L
A
S
A
198
                 
 
                   
L
L
A
I
P
M
L
F
T
V
208
       
 
          
ECL2            
G
L
Q
N
L
S
G
D
G
T
218
                   
                   
H
P
G
G
L
V
C
T
P
I
228
         
 
        
    TM5          
V
D
T
A
T
L
K
V
V
I
238
 
 
                
                   
Q
L
N
T
F
M
S
F
L
F
248
       
 
          
                   
P
M
L
V
A
S
I
L
N
T
258
     
 
 
          
                   
V
I
A
R
R
L
T
V
M
V
268
                   
                   
H
Q
A
A
E
Q
G
R
V
C
278
 
 
                
ICL3 TM6      
T
 
E
P
G
R
V
Q
A
L
303
 
 
              
 
                   
R
R
G
V
L
V
L
R
A
M
313
                   
                   
V
I
A
F
V
V
C
W
L
P
323
               
 
  
                   
Y
H
V
R
R
L
M
F
V
Y
333
               
 
  
  ECL3   TM7  
I
S
D
E
Q
W
T
T
A
L
343
                   
                   
F
D
F
Y
H
Y
F
Y
M
L
353
 
      
 
      
 
  
                   
S
N
A
L
V
Y
V
S
A
A
363
                   
                   
I
N
P
I
L
Y
N
L
V
S
373
                   
H8                
A
N
F
R
Q
V
F
L
S
T
383
             
 
               
L
A
C
L
C
P
G
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreScission
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
NNNNN(Asn5)
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GSGS            
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TrxA            
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10)      

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term
 
 
 
 
 
TM1
 
ICL1
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM2
 
ECL1
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM3
 
 
 
ICL2
 
 
TM4
 
 
 
ECL2
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM5
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
ICL3
 
 
 
 
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM7
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MBP
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(6)
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 N-term
 
 
 
 
 
TM1
 
ICL1
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM2
 
ECL1
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM3
 
 
 
ICL2
 
 
 
TM4
 
 
 
ECL2
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM5
 
 
 
ICL3
 
 
 
 
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM7
 
H8
 
 
C-term 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
NNNNN(
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GSGS
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TrxA
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10


DIAGRAMS

ICL1 K S L Q ICL1ECL1 H H P W A F ECL1ICL2 P F K A K T L M ICL2ECL2 G L Q N R S G D G T H P G G L V C T P I V D ECL2ICL3 R V C T V G T H N G L E H S T F N M T I E ICL3ECL3 S D E Q W ECL3N-term M H L N S S V P Q G T P G E P D A Q P F S G P Q S E M E A T F L A L S L S N G S G N T S E S D T A G P N S D L D V N T D N-termC-term P G W R H R R K K R P T F S R K P N S M S S N H A F S T S A T R E T L Y C-term I Y S K V L V T A I Y L A L F V V G T V G N S V T A F T L A R K S L Q S T V H Y H L G S L A L S D L L I L L L A M P V E L Y N F I W V G D A G C R G Y Y F L R D A C T Y A T A L N V A S L S V E R Y L A I C H S R S R T K K F I S A I W L A S A L L A I P M L F T M T A T V K V V I Q V N T F M S F L F P M L V I S I L N T V I A N K L T V M V H Q A A E Q G P G R V Q A L R H G V L V L R A V V I A F V V C W L P Y H V R R L M F C Y I T T F L F D F Y H Y F Y M L T N A L F Y V S S A I N P I L Y N L V S A N F L S L C F R Q V T L A C

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated
83 |  S G
86 |  A L
101 |  T R
103 |  H D
105 |  H Y
119 |  L F
121 |  M L
124 |  E D
125 |  L V
143 |  R K
150 |  D E
161 |  A V
167 |  R L
172 |  C R
177 |  A H
208 |  M V
213 |  R L
234 |  V L
240 |  V L
253 |  I A
262 |  N R
263 |  K R
305 |  H R
313 |  V M
332 |  C V
342 |  F A
354 |  T S
358 |  F V
362 |  S A

DELETIONS

  • from 1 to 49
  • from 280 to 295
  • from 391 to 424

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: fusion

    Name: MBP
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(6)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site (3C)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_2 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site (3C)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_3 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: NNNNN(Asn5)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_4 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: GSGS
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_5 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: TrxA
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_6 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(10)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_7 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    NA E. coli BL21(DE3) Bacteria For mammalian expression, all constructs subcloned in pcDNA3 having FLAG epitope at Nter

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    additive CHS 0.12 %w/v
    additive CHAPS 0.6 %w/v
    detergent DM 1.6 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    detergent exchange to 0.3 % NG None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: vapour diffusion
    TYPE: sitting drops ()
    PROTEIN CONCENTRATION: 5 mg/ml
    Temperature: 4°C
    ph : 9.4-9.4

    Remarks: Crystals were observed after 24 h and grew for about 1 wk in sitting drops containing 1 μL of protein/X-mix solution and1 μL reservoir & Crystals harvested at 36% v/v PEG 600 solution

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Additional
    unknown GLYCINE pH9.4 50 mM
    unknown NaCl 0.5 M
    unknown PEG 600 22.5 %v/v
    Detergent
    detergent NG 0.3 % w/v
    Lipid
    lipid CHS 0.1 %w/v