q98sw5_xenla

NAME

6D32

ORGANISM

African clawed frog (Xenopus laevis)

PROTEIN NAME

q98sw5_xenla

SOURCE

TREMBL

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term        
M
S
S
M
V
P
W
I
C
W
10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
I
G
G
F
G
F
L
L
F
I
20
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
C
T
S
G
G
V
Q
I
N
E
30
 
 
 
 
            
                   
T
F
Y
M
D
K
C
K
K
T
40
                   
                   
T
T
C
E
P
L
K
Y
N
I
50
                   
                   
C
L
G
S
V
L
P
Y
A
L
60
                   
                   
T
S
T
V
L
A
E
D
S
S
70
                   
                   
S
Q
D
E
V
H
D
K
L
S
80
                   
                   
L
W
S
G
L
R
N
A
P
R
90
                   
                   
C
W
D
A
I
R
P
L
L
C
100
                   
                   
A
V
Y
M
P
K
C
E
G
G
110
                   
                   
K
V
E
L
P
S
Q
G
L
C
120
                   
                   
Q
T
T
R
V
P
C
A
I
V
130
                   
                   
A
R
E
R
G
W
P
D
F
L
140
                   
                   
K
C
T
T
D
Y
F
P
E
G
150
                   
                   
C
P
N
E
V
Q
N
I
K
F
160
                   
                   
N
S
S
G
Q
C
E
A
P
L
170
                   
                   
V
R
T
D
N
P
K
S
W
Y
180
                   
                   
E
D
V
E
G
C
G
I
Q
C
190
                   
          TM1    
Q
N
P
L
F
T
N
K
E
H
200
                   
                   
R
E
M
H
I
Y
I
A
I
F
210
                   
                   
S
S
V
T
I
F
C
T
F
F
220
                   
                   
T
L
A
T
F
L
A
D
W
K
230
                   
ICL1 TM2      
N
S
N
R
Y
P
A
V
I
L
240
                   
                   
F
Y
V
N
A
C
F
F
V
G
250
                   
            ECL1
S
I
G
W
L
A
Q
F
M
D
260
                   
                   
G
A
R
D
E
I
V
C
R
G
270
                   
                   
D
G
T
M
R
L
G
E
P
T
280
                   
        TM3      
S
N
E
T
L
S
C
V
I
I
290
                   
                   
F
I
I
V
Y
Y
S
M
M
S
300
                   
                   
G
V
I
W
F
V
M
L
T
Y
310
                   
                   
A
W
H
T
S
F
K
A
L
G
320
                   
  ICL2 TM4    
T
T
H
Q
P
L
S
G
K
T
330
                   
                   
S
Y
F
H
L
I
T
W
S
I
340
                   
                   
P
F
V
L
T
V
A
I
L
A
350
                   
  ECL2          
V
A
Q
V
D
G
D
S
V
S
360
                   
                   
G
I
C
F
V
G
Y
K
N
Y
370
                   
TM5              
H
Y
R
A
G
F
V
L
A
P
380
                   
                   
I
G
L
V
L
I
G
G
G
Y
390
                   
                   
F
L
I
R
G
V
M
T
L
F
400
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
            ICL3
S
I
K
S
N
H
P
G
L
L
410
 
 
 
 
 
          
        TM6      
S
E
K
A
A
S
K
I
N
E
420
                   
                   
T
M
L
R
L
G
I
F
G
F
430
                   
                   
L
A
F
G
F
V
L
I
T
F
440
                   
                   
G
C
H
F
Y
D
F
F
N
Q
450
                   
                   
A
E
W
E
R
S
F
R
E
Y
460
                   
                   
V
L
C
E
A
N
V
T
I
A
470
                   
    ECL3        
E
Q
T
N
K
P
I
P
E
C
480
                   
            TM7  
Y
I
K
N
R
P
S
L
L
V
490
                   
                   
E
K
I
N
L
F
A
M
F
G
500
                   
                   
T
G
I
S
M
S
T
W
V
W
510
                   
H8                
T
K
A
T
I
I
I
W
K
R
520
               
 
 
                   
A
W
C
R
I
L
G
R
S
D
530
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term        
D
E
P
K
R
I
K
K
S
K
540
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
M
I
A
K
A
F
S
K
R
K
550
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
E
L
L
N
N
P
E
K
E
L
560
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
F
S
L
H
S
V
S
H
E
570
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
G
P
V
A
G
L
N
F
D
M
580
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
N
E
P
S
A
D
M
S
S
A
590
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
W
A
Q
H
V
T
K
M
V
A
600
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
R
R
G
A
I
L
P
Q
D
V
610
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
V
T
P
V
A
T
P
V
P
620
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
E
E
R
D
Q
W
F
I
E
630
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
G
D
I
P
Q
G
M
V
K
K
640
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
M
S
K
K
K
K
R
R
K
K
650
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
E
I
Q
P
L
E
A
K
T
660
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
V
K
E
H
F
H
S
R
A
N
670
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
T
A
V
P
R
L
P
K
L
P
680
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
K
T
G
L
V
T
R
S
K
690
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
Q
E
V
D
E
T
L
P
G
700
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
Y
R
E
F
R
R
L
P
N
710
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
I
Q
E
K
L
Y
P
V
E
G
720
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
V
N
N
N
L
G
Y
T
R
Y
730
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
Q
S
N
M
I
S
H
P
F
740
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
A
A
D
K
M
P
L
T
D
E
750
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
R
V
A
Y
V
P
V
P
K
760
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
H
D
G
V
F
Q
Y
S
S
A
770
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
N
S
Y
S
N
P
M
D
L
T
780
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
Y
R
G
R
T
Q
P
R
W
790
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
T
E
N
P
P
M
H
S
R
A
800
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
N
L
M
D
A
E
L
M
D
T
810
 
 
 
 
       
D
S
D
F
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreScission
 
                  
  N-term      
 
D
K
C
K
K
T
T
T
C
43
                   
                   
E
P
L
K
Y
N
I
C
L
G
53
                   
                   
S
V
L
P
Y
A
L
T
S
T
63
                   
                   
V
L
A
E
D
S
S
S
Q
D
73
                   
                   
E
V
H
D
K
L
S
L
W
S
83
                   
                   
G
L
R
N
A
P
R
C
W
D
93
                   
                   
A
I
R
P
L
L
C
A
V
Y
103
                   
                   
M
P
K
C
E
G
G
K
V
E
113
                   
                   
L
P
S
Q
G
L
C
Q
T
T
123
                   
                   
R
V
P
C
A
I
V
A
R
E
133
                   
                   
R
G
W
P
D
F
L
K
C
T
143
                   
                   
T
D
Y
F
P
E
G
C
P
N
153
                   
                   
E
V
Q
N
I
K
F
N
S
S
163
                   
                   
G
Q
C
E
A
P
L
V
R
T
173
                   
                   
D
N
P
K
S
W
Y
E
D
V
183
                   
                   
E
G
C
G
I
Q
C
Q
N
P
193
                   
    TM1          
L
F
T
N
K
E
H
R
E
M
203
                   
                   
H
I
Y
I
A
I
F
S
S
V
213
                   
                   
T
I
F
C
T
F
F
T
L
A
223
                   
          ICL1  
T
F
L
A
D
W
K
N
S
N
233
                   
TM2              
R
Y
P
A
V
I
L
F
Y
V
243
                   
                   
N
A
C
F
F
V
G
S
I
G
253
                   
      ECL1      
W
L
A
Q
F
M
D
G
A
R
263
                   
                   
D
E
I
V
C
R
G
D
G
T
273
                   
                   
M
R
L
G
E
P
T
S
N
E
283
                   
  TM3            
T
L
S
C
V
I
I
F
I
I
293
                   
                   
V
Y
Y
S
M
M
S
G
V
I
303
                   
                   
W
F
V
M
L
T
Y
A
W
H
313
                   
                   
T
S
F
K
A
L
G
T
T
H
323
                   
ICL2 TM4      
Q
P
L
S
G
K
T
S
Y
F
333
                   
                   
H
L
I
T
W
S
I
P
F
V
343
                   
                   
L
T
V
A
I
L
A
V
A
Q
353
                   
ECL2            
V
D
G
D
S
V
S
G
I
C
363
                   
          TM5    
F
V
G
Y
K
N
Y
H
Y
R
373
                   
                   
A
G
F
V
L
A
P
I
G
L
383
                   
                   
V
L
I
G
G
G
Y
F
L
I
393
               
 
                 
R
G
V
M
T
L
F
S
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (b562R
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
               
TM6          
S
K
I
N
E
T
M
L
423
                   
                   
R
L
G
I
F
G
F
L
A
F
433
                   
                   
G
F
V
L
I
T
F
G
C
H
443
                   
                   
F
Y
D
F
F
N
Q
A
E
W
453
                   
                   
E
R
S
F
R
E
Y
V
L
C
463
                   
                   
E
A
N
V
T
I
A
E
Q
T
473
                   
ECL3            
N
K
P
I
P
E
C
Y
I
K
483
                   
      TM7        
N
R
P
S
L
L
V
E
K
I
493
                   
                   
N
L
F
A
M
F
G
T
G
I
503
                   
              H8  
S
M
S
T
W
V
W
T
K
A
513
                   
                   
T
I
I
I
W
K
R
A
W
C
523
         
 
      C-term
R
I
L
G
R
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(8)        

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
 
 
TM5
 
 
 
 
 
 
 
 
ICL3
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
TM5 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
C-term 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(8)


DIAGRAMS

ICL1 W K N S N ICL1ECL1 Q F M D G A R D E I V C R G D G T M R L G E P T S N E T ECL1ICL2 T H Q P ICL2ECL2 A Q V D G D S V S G I C F V G Y K ECL2ICL3 P G L L S E K A ICL3ECL3 T N K P I P E C Y I K N R P ECL3N-term M S S M V P W I C W I G G F G F L L F I C T S G G V Q I N E T F Y M D K C K K T T T C E P L K Y N I C L G S V L P Y A L T S T V L A E D S S S Q D E V H D K L S L W S G L R N A P R C W D A I R P L L C A V Y M P K C E G G K V E L P S Q G L C Q T T R V P C A I V A R E R G W P D F L K C T T D Y F P E G C P N E V Q N I K F N S S G Q C E A P L V R T D N P K S W Y E D V E G C G I Q C Q N P L F N-termC-term G R S D D E P K R I K K S K M I A K A F S K R K E L L N N P E K E L S F S L H S V S H E G P V A G L N F D M N E P S A D M S S A W A Q H V T K M V A R R G A I L P Q D V S V T P V A T P V P P E E R D Q W F I E G D I P Q G M V K K M S K K K K R R K K K E I Q P L E A K T V K E H F H S R A N T A V P R L P K L P L K T G L V T R S K P Q E V D E T L P G S Y R E F R R L P N I Q E K L Y P V E G V N N N L G Y T R Y P Q S N M I S H P F A A D K M P L T D E S R V A Y V P V P K H D G V F Q Y S S A N S Y S N P M D L T S Y R G R T Q P R W T E N P P M H S R A N L M D A E L M D T D S D F C-term T N K E H R E M H I Y I A I F S S V T I F C T F F T L A T F L A D R Y P A V I L F Y V N A C F F V G S I G W L A L S C V I I F I I V Y Y S M M S G V I W F V M L T Y A W H T S F K A L G T L S G K T S Y F H L I T W S I P F V L T V A I L A V N Y H Y R A G F V L A P I G L V L I G G G Y F L I R G V M T L F S I K S N H A S K I N E T M L R L G I F G F L A F G F V L I T F G C H F Y D F F N Q A E W E R S F R E Y V L C E A N V T I A E Q S L L V E K I N L F A M F G T G I S M S T W V W T K A W K R I L T I I I A W C R

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated

DELETIONS

  • from 1 to 34
  • from 402 to 415
  • from 529 to 814

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: hemagglutinin
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: HaloTag
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site (3C)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: BRIL (b562RIL)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_0 402:415
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(8)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_0 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf9 Insect

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent DDM 1 %w/v
    additive CHS 0.2 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Proteolysis by HRV 3C protease None
    Detergent DDM exchanged with LMNG None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: in meso/LCP
    TYPE: lipidic cubic phase (LCP) (monoolein (9.9 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: 50.0 mg/ml
    Temperature: 20°C
    ph : 6.0-6.5

    Remarks: ligand: cycolpamine, full length SMO receptor

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Detergent
    LMNG 0.01 % w/v
    Lipid
    CHS 0.001 % w/v
    Additional
    PEG 300 35-45 %v/v
    LiSO4 300-500 mM
    MES, pH 6-6.5 0.1 M